Unterhalb der Leitungsebene, die auch das Controlling umfasst, gliedert sich das ZIM in die 3 Geschäftsbereiche ERP Verwaltungsanwendungen, IT-Infrastruktur und Medien und Kundenservice, in denen inhaltlich verwandte Aufgaben zusammengefasst werden.

Der Geschäftsbereich Projektmanagement und Querschnittsaufgaben ist übergreifend. Hier werden Projekte von der Auswahl bis zum Projektabschluss begleitet und Aufgaben koordiniert, die mehrere Geschäftsbereiche betreffen. Weiterhin sind hier die Öffentlichkeitsarbeit und das Thema Sicherheit angesiedelt.

Die Geschäftbereiche IT-Infrastruktur und Medien und Kundenservice gliedern sich weiter in Servicegruppen.

Die E-Competence-Agentur ist die Beratungsagentur des IKM Bereiches (eine Kooperation zwischen  ZIM und UB).