Nutzung
Login
Der Zugang erfolgt via ssh mit einem zweistufigen Authentifizierungsverfahren, siehe Anleitung.
Es existieren 3 Loginknoten:
- login01.magnitude.uni-due.de
- login02.magnitude.uni-due.de
- login03.magnitude.uni-due.de
- sowie login.magnitude.uni-due.de, welches auf login01 verweist
Nach erfolgreichem Login ist das uniweite home Verzeichnis des Nutzers auf dem Login Node gemounted. Es steht auch auf den Compute Nodes zur Verfügung, auch wenn die Nutzung hier nicht empfohlen wird. Es handelt sich um das gleiche home verzeichniss, welches auch auf der cray gemounted wird.
Beim ersten login eines Nutzers wird auf /scratch ein Verzeichniss mit dem Namen des Nutzers angelegt. Dieses ist das Arbeitsverzeichniss für die Nutzer und ist mit einer guten Performance an die Compute Nodes angebunden. Alle Arbeiten sollten in diesem Verzeichniss durchgeführt werden.
ACHTUNG: Für die Nutzerdaten im /scratch-Verzeichnis gelten die Fristen für das automatische Löschen gemäß aktuller Nutzerrichtlinien.
Umgebung
Da die home Verzeichnisse der Nutzer auf mehreren Rechnern genutzt werden, wird empfohlen in die profil dateien nur die systemweiten Defaults einzutragen. Diese sind:
- .bash_profile
# .bash_profile
# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi
# last line
- .bashrc
# .bashrc
if [ -f /etc/bashrc ]
then
. /etc/bashrc
fi
# last line
Alle Ergänzungen sollten in separate kleine Scripte, die bei Bedarf gesourct werden.
Für das laden bestimmter Softwareumgebungen/Tools steht module zur Verfügung. Detail hier
Queueing-System Slurm
Für die Jobverarbeitung wird auf der magnitUDE das Queueing-System SLURM eingesetzt. Einen Übersicht findet sich hier
Die wichtigsten Befehle lauten:
Übersicht Warteschlange | squeue -l |
Übersicht Partitionen | sinfo -l |
Job übermitteln | sbatch <jobscript> |
Job abbrechen | scancel <jobid> |
Jobinformation (kurz) | squeue --job <jobid> |
Jobinformation (detailliert) | scontrol show job <jobid> |
A comparison of SLURM commands towards other scheduling systems see https://slurm.schedmd.com/rosetta.pdf