Sequencer und Auswertung
Die Sequenzierung unserer Sequenzen erfolgt mit BigDye® Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kits von AB (Part No. 4337451) und Wasser von der Firma Merck (Water for chromatography LiChrosolv® 1153331000).
Die anschließende Aufreinigung unserer Sequenzen erfolgt mit Sephadex der Firma GE Healthcare (illustra (TM) Sephadex (TM) G-50 Fine DNA Grade (100g) Part No. 17-0573-02) und Platten von Millipore (Multiscreen ® -HV Cat. No MAHVN4550 )
Die automatische Sequenzanalyse...
erfolgt an einem mehrfarbigen, floureszenzbasierenden DNA Analyse System von AB 3130XL Genetic Analyzer (AB Part No. 4359571) mit einem 50cm Array (AB Part No. 4315930) bestehend aus 16 Kapillaren und mit POP6 (AB Part No. 4363783oder einer vergleichbaren Firma).
Weitere Informationen zu den Sequencern und zum jeweiligen Zubehör finden sie ebenfalls unter www.lifetechnologies.com.
Informationen unter welchen Bedingungen Ihre Sequenzen "gelaufen" sind, auf welchem Gerät und wie die Daten analysiert worden sind (z.B. KB oder BC Basecaller), finden Sie z.B. im Sequence Scanner Programm unter der Registerkarte "Annotations" (wenn Sie die Sequenz geöffnet haben).
Kostenlose Programme
Kostenlose Programme zum Anschauen Ihrer Daten finden Sie unter:
Sequence Scanner 2 von Life Technologies ( Bitte registrieren Sie sich dazu unter folgendem Link, danach können Sie das Programm kostenlos herunterladen):
Kostenlose Programme zum Editieren Ihrer Daten finden Sie unter:
Chromas:
BioEdit:
Andere nützliche Programme finden Sie unter:
Kostenpflichtige Programme (die auch wir benutzen)
Sequenzauswertung (Alignments/ Mutationssuche etc.):
Sequencher (AB)
Codon Code Aligner http://www.codoncode.com/index.htm
Sequenzauswertung/ Genverwaltung/ Klonkarten/ Proteinvorhersage uvm.
Fragmentanalyse
Genmapper (AB)
GeneScan Analysis (AB)
Genotyper (AB)