In der Tierhaltung der Aquatischen Ökologie halten wir verschiede Fischarten, zumeist Aale (Anguilla anguilla) und Döbel (Squalius cephalus). Unser Tierbestand variiert stark und liegt maximal im Bereich von 100 Fischen. Diese Fische werden vor allem für die Aufrechterhaltung von Lebenszyklen verschiedener Parasiten wie dem Schwimmblasennematoden Anguillicola crassus oder Kratzwürmern (Acanthocephalen) genutzt. Sie werden aber auch für Untersuchungen zur Wirkung unterschiedlicher Stressoren auf Fische verwendet. Die Fische werden in Gruppen von 20-30 Tieren in Becken mit 500 Litern Wasser gehalten. Für Versuche stehen zudem verschieden große Aquarien zur Verfügung, in denen die Fische in einem Durchflusssystem gehalten werden. Aus hygienischen Gründen werden die Fische ohne natürlichen Bodengrund gehalten, jedoch stehen Versteckmöglichkeit (z.B. Kunststoffröhren, abgedunkelte Bereiche) zur Verfügung, die von den Fischen eigenständig aufgesucht werden können. In den Becken werden regelmäßig Futterreste und Kot abgesaugt und Wasserwechsel durchgeführt, um eine konstante Wasserqualität aufrecht zu erhalten.