Schwerpunkte des Studienprogramms NanoEngineering sind die Nanoprozesstechnologie und die Nano(opto)elektronik. Sie bilden auch die beiden Vertiefungsrichtungen im Masterstudiengang. Dabei werden alle relevanten Disziplinen der Natur- und Ingenieurwissenschaften (Elektrotechnik, Maschinenbau, Physik und Chemie) beteiligt. Der Master-Studiengang soll die im Bachelor-Studiengang erworbenen Qualifikationen vertiefen und darüber hinaus Fähigkeiten vermitteln, die dazu dienen, wissenschaftliche Methoden auf dem Gebiet der Nanotechnologie nicht nur für komplexe Probleme anzuwenden, sondern auch zu analysieren und weiterzuentwickeln. Je nach Wahl der Vertiefungsrichtung erfolgt dabei eine ausgeprägte exemplarische Schwerpunktsetzung auf einem der Anwendungsgebiete.