Gina Simon erforscht in ihrer Promotion molekulare Golgi-Stressfaktoren und deren Rolle bei Zellzustandsübergängen im Rahmen des SFB 1430. Unter der Leitung von Prof. Dr. Doris Hellerschmied-Jelinek hat sie sich dabei von Projektbeginn an und mit Begeisterung für die Nutzung des elektronischen Laborbuchs eLabFTW eingesetzt – dafür erhält sie den Data Champion Award des SFB 1430. In unserem Interview erklärt sie, wie eLabFTW ihren Forschungsalltag erleichtert und wie sie eLabFTW zum Beispiel mit dem Mikroskopdaten-Repositorium OMERO kombiniert.

RDS: Eure Arbeitsgruppe war Pionier bei der Einführung des elektronischen Laborbuchs eLabFTW – nicht nur im SFB 1430, sondern für die ganze UDE. Was bedeutet das genau im Forschungsalltag? Wie verwendet ihr eLabFTW?

GS: In eLabFTW tragen wir alle unsere Experimente ein und teilen damit unsere Protokolle und Erfahrungen. Auf der Experimentseite kann man super sehen, was die anderen gerade machen und was sie in der Vergangenheit gemacht haben – wenn man zum Beispiel wissen will, wie viele Zellen man aussät, wenn man nur einen kleinen Dish verwendet, oder auch bei grundlegenden Fragen, wie ein Experiment überhaupt gemacht wurde. Das finden alle im Team sehr hilfreich. In eLabFTW haben wir alle Infos drin, die wir so brauchen – es gibt uns einen Überblick sowohl über Chemikalien als auch Antikörper oder Zelllinien oder Protokolle. Unter Resources kann man auf die einzelnen Chemikalien klicken und alle Infos dazu sehen – Sicherheitsdatenblätter, was wir wo lagern oder bestellt haben. Seit neuestem haben wir da einen Inventarstatus, den man anklicken kann. Das macht es einfacher für uns, den Überblick zu behalten, ob etwas auf Lager ist, bestellt werden muss oder schon bestellt wurde und unterwegs ist. Wir benutzen eLabFTW außerdem für das Booking-System.

RDS: Das heißt, um Laborgeräte zu managen, die von allen genutzt werden?

GS: Genau, man trägt sich in eLabFTW ein und kommt sich dann nicht gegenseitig in die Quere, wenn mehrere Leute ein Gerät brauchen. Wir behalten damit auch Überblick über Wartungen – wenn was mit der CO₂-Anlage nicht stimmt, kann man das im Lab Book hinterlegen, dann ist alles an einem Ort.

RDS: Die ganzen Chemikalien, Antikörper und Zelllinien in die Datenbank in eLabFTW einzutragen, muss ja sehr viel Arbeit gewesen sein.

GS: Das Gute war, dass wir eLabFTW direkt mit Gründung des Labors gestartet haben. Das heißt, jede neue Chemikalie hat einen Eintrag und einen Platz im Labor bekommen – das haben wir am Anfang alle gemeinsam gemacht. Das macht es schon leichter. Labore, die schon einen Schrank voller Chemikalien von 20 Jahren haben, haben es etwas schwerer, alles ins eLabFTW zu überführen – wobei auch die in der Regel Excel-Sheets haben, die man einfach importieren könnte.

RDS: Wie viele Chemikalien habt ihr denn in der Datenbank und wie behält man da den Überblick?

GS: Über 100 Chemikalien, dazu dann noch andere Ressourcen, die wir auch im eLab verwalten, wie zum Beispiel über 500 Plasmide. Da ist die Datenbank mit dem Tagsystem zum Sortieren schon ganz hilfreich. Wir verwenden zum Beispiel die Vektoren als Tag. Wenn man dann nur nach einem bestimmten Vektor gucken will, kann man den Tag anklicken und dann werden nur die Plasmide mit diesem Vektor angezeigt.

RDS: Die Tags sind ein spannendes Thema, da muss man sich ja erstmal überlegen, was für die ganze Gruppe sinnvoll ist. Wie seid ihr das angegangen?

GS: Wir haben einerseits generelle Tags, für die Plasmide und die Chemikalien, zum Beispiel auch einen Tag für den Lagerort. Bei den Experimenten ist getaggt, ob es ein zellbiologisches Experiment oder ein in-vitro-Experiment ist. Ich kennzeichne auch, welche Zelllinie ich nehme. Es gibt aber auch spezifische Tags: Ich habe zum Beispiel mein Lieblingsprotein als Tag angelegt – wenn ich den anklicke, sehe ich alle Experimente, die ich mit diesem Protein gemacht habe. Jeder hat so seine eigenen Tags für sein Projekt.

RDS: Ist eLabFTW denn intuitiv zu verstehen und zu benutzen für Studierende, die neu dazukommen?

GS: Ja, total. Selbst wenn die Studenten elektronische Laborbücher vorher nicht kannten, braucht man ihnen nur einmal zu zeigen, wie man ein Experiment schreibt – sie haben ja auch genug Beispielexperimente hier, die sie angucken können. Das funktioniert super und alle sind immer sehr dankbar dafür. Auch Studenten, die hier ihre Abschlussarbeiten geschrieben haben, waren immer froh, dass sie für den Material- und Methodenteil einfach ins Laborbuch gucken konnten und nicht mit einer Kamera durchs Labor gehen und alle Chemikalien fotografieren mussten. Das hab ich in meiner Bachelorarbeit noch gemacht. Und im Master hatte ich ein Praktikum, bei dem es noch handschriftliche Laborbücher gab – da musste man dann immer erst die Seite finden, nachgucken, wie etwas genau gemacht wurde, dann musste man die Handschrift entziffern … bei eLabFTW kann man einfach danach suchen.

RDS: Ich habe gerade gesehen, dass ihr euch für bestimmte Experimente Templates angelegt habt – es gibt also auch Vorlagen für die Forschenden und Studierenden.

GS: Ja, wir haben die standard operation procedures als Protokolle hinterlegt. Zum Beispiel haben wir hier ganz grundlegend ein Template dafür, wie man Zellen in den verschiedenen Flaschen und Platten, die es so gibt, kultiviert – also wie viele Zellen man aussäht, wie viel Medium jeweils benutzt wird, aber auch, was ich beim Imaging beachten muss. Da sind dann auch direkt die ganzen Ressourcen verlinkt.

RDS: Und so ein Protokoll funktioniert dann als Vorlage, wenn ich mein eigenes Experiment in eLabFTW anlegen will?

GS: Ja, das geht ganz einfach: Wenn ich hier auf Import klicke, wird das Standardprotokoll reingeladen und ich kann mir etwas Tipperei sparen. Wir sind wirklich alle sehr, sehr glücklich damit.

RDS: Ich bin jetzt total neugierig, wie so ein Standardeintrag von dir aussieht. Ich sehe, du kopierst dann auch Bilder rein.

GS:  Nicht immer, aber wenn ich zum Beispiel ein Experiment reproduzieren möchte, dann füge ich den Abstract des Papers und die veröffentlichten Bilder ins Protokoll ein, damit man gleich weiß, worauf man gucken sollte. Unsere Protokolle sind eigentlich immer gleich aufgebaut: Am Anfang das Aim, dann Procedure und Results, wo wir genau aufschreiben, was wir wie machen. Am Ende haben wir noch eine Conclusion und Further Results, wo wir festhalten, ob das Reproduzieren geklappt hat und wie es weitergehen soll. Ich könnte dann je nachdem, wie es gelaufen ist, den Status auf Success setzen – oder auf Further optimization required.

RDS: Für die Imaging-Daten benutzt ihr ja OMERO. Wie funktioniert das Zusammenspiel zwischen OMERO und eLabFTW?

GS: Genau, unsere Imaging-Daten haben wir alle auf OMERO; die Rohdaten haben wir zusätzlich auf unserem Server. Ich finde, das Zusammenspiel funktioniert gut. Wenn man mit OMERO eine Abbildung erstellt, bekommt die einen Link, den man direkt ins Lab Book einfügen kann. Oft mache ich aber auch einfach einen Screenshot und lade den ins Protokoll hoch, damit man die Abbildung sofort sehen kann.

RDS: Was da deutlich wird ist, dass es auch, wenn man mit verschiedenen Tools arbeitet, sinnvoll ist, wenn es einen Master gibt, mit dem man arbeitet und in dem alle Referenzen sind – und diese Funktion erfüllt in eurem Projekt eLabFTW.

GS: Genau.

RDS: Wir waren wirklich sehr beeindruckt, wie eure Gruppe diese Tools so gut eingebunden hat – es ist wirklich ein hochverdienter Award. Vielen Dank für das Gespräch!