Genomics Core Facility
Genomics Core Facility (GCF)
Die Genomics Core Facility (GCF) am Lehrstuhl für Aquatische Ökosystemforschung der Fakultät für Biologie dient als zentrale Anlaufstelle für molekulare Hochdurchsatzanalysen mit Schwerpunkt auf der Charakterisierung der Biodiversität und der Umweltüberwachung.
Wir sind spezialisiert auf DNA-Metabarcoding, Metagenomik und Metatranskriptomik und bieten innovative Lösungen für die Analyse von Tiergemeinschaften, mikrobiellen Populationen und komplexen Umweltproben, sowohl aus kollektiven Massenproben als auch aus Umwelt-DNA (eDNA).
Forschung & Zusammenarbeit
Die GCF spielt eine zentrale Rolle in mehreren Forschungsinitiativen:
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Im Rahmen des Sonderforschungsbereichs 1439 "RESIST" (DFG SFB 1439, Teilprojekt Z02) übernehmen wir sämtliche Schritte der DNA- und RNA-Extraktion sowie der Sequenzierung. Dadurch leisten wir einen direkten Beitrag zu den zentralen Fragestellungen des Projekts im Bereich der Resistenzmechanismen in der Biodiversität.
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Wir sind aktiv an den LTER-D-Kampagnen (Langzeit-Ökosystemforschung in Deutschland) beteiligt und integrieren molekulare Methoden in die langfristige Überwachung aquatischer Ökosysteme.
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Darüber hinaus arbeiten wir eng mit dem Zentrum für Wasser- und Umweltforschung (ZWU) sowie mit externen Nutzer:innen im Rahmen wissenschaftlicher, nicht-kommerzieller Kooperationen zusammen – sowohl innerhalb der Universität als auch mit Partnerinstitutionen deutschlandweit.
Automatisierung & Infrastruktur
Im Zentrum der GCF steht ein hochmoderner Liquid-Handling-Roboter (Hamilton Vantage), der eine effiziente und reproduzierbare Durchführung von Laborprozessen wie Nukleinsäureextraktion, Reinigung und Bibliotheksvorbereitung ermöglicht. Ob DNA, RNA oder andere Anwendungen – automatisierte Workflows gewährleisten eine hohe Durchsatzrate bei gleichzeitig minimalem manuellem Aufwand und geringem Fehlerrisiko.
Zur Ausstattung der GCF gehören außerdem vielfältige Geräte zur Unterstützung von:
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DNA/RNA-Extraktion und Quantifizierung
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Reinigung mittels Beads oder Säulen
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PCR-Setup und - Cleanup
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Vorbereitung von NGS-Bibliotheken
Lehre & studentische Projekte
Über die reine Forschungsunterstützung hinaus fördert die GCF aktiv den wissenschaftlichen Nachwuchs. Bachelor- und Masterstudierende aus unserer Arbeitsgruppe erhalten die Möglichkeit, unsere Ausstattung und Infrastruktur im Rahmen ihrer Abschlussarbeiten zu nutzen. Solche Projekte befassen sich häufig mit Themen wie:
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Entwicklung und Validierung eDNA-basierter Biomonitoring-Methoden
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Biodiversitätsanalysen aquatischer Ökosysteme
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Funktionelle Genomik durch metatranskriptomische Ansätze
Dabei sammeln die Studierenden praktische Erfahrungen mit automatisierten Laborprozessen und bioinformatischen Auswertungen, eine fundierte Vorbereitung auf eine Karriere in der Umweltgenomik und angrenzenden Bereichen.