Jürgen Bäumer absolvierte von 2000 bis 2007 den Integrierten Diplom-Studiengang Sozialwissenschaften mit den Nebenfächern Psychologie und Evangelische Theologie und einer Diplomarbeit im Studienschwerpunkt Kultur und Kommunikation an der Universität Duisburg-Essen und studierte von 2007 bis 2009 den Master-Studiengang Politikmanagement, Public Policy und öffentliche Verwaltung an der NRW School of Governance.

Von 2003 bis 2007 war er zunächst studentischer und von 2007 bis 2013 wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl von Prof. Dr. Ulrike Berendt am Institut für Politikwissenschaft an der Universität Duisburg-Essen.

Seit 2008 ist er außerdem als wissenschaftlicher Mitarbeiter im Informations- und Beratungszentrum der Fakultät für Gesellschaftswissenschaften (IBZ) an der Universität Duisburg-Essen mit den Aufgaben- und Verantwortungsbereichen des Studiengangsmanagements und der Fachstudienberatung für den Bachelor-Studiengang ‚Politikwissenschaft’ beschäftigt und in diesen Funktionen seit 2015 ebenfalls zuständig für die Master-Studiengänge ‚Internationale Beziehungen und Entwicklungspolitik’, ‚Politikmanagement, Public Policy und öffentliche Verwaltung’ und ‚Theorie und Vergleich politischer Systeme im Wandel’.